Khái niệm người Bosniak có quan hệ với quá trình Hồi giáo hoá Bosnia và Herzegovina. Hồi giáo hoá ở khu vực này bắt đầu vào khoảng niên đại 1480, lúc đó họ nằm dưới sự thống trị của đế quốc Ottoman. Trước đó, Bosnia và Herzegovina tôn sùng tín ngưỡng Kitô giáo như giáo hội Công giáo Rôma, mặc dù là tín đồ Kitô giáo, nhưng dùng tiếng Slav tiến hành nghi thức lễ bái, mà không dùng tiếng Latinh, hơn nữa họ có giáo lí của riêng họ, thí dụ như chọn dùng "thuyết nhị nguyên" dựa trên tín ngưỡng bản địa. Họ đã trải qua quá trình cải tín cải đạo, bị coi là "tín đồ dị giáo", rồi cuối cùng đã thiết lập giáo hội của riêng mình, gọi là "Giáo hội Bosnia". Điều này là do Kitô giáo vẫn là tín ngưỡng của một bộ phận giai cấp thống trị, phần lớn phụng thờ tín ngưỡng bản địa (góc độ của Thiên Chúa giáo coi là dị giáo). Tuy nhiên, "Giáo hội Bosnia" chưa đạt đến trình độ xây dựng giáo lí một cách có hệ thống, hơn nữa nó chỉ được tôn sùng tín ngưỡng ở trong các tu viện, chưa có truyền bá rộng rãi, cho nên rất khó thâm nhập vào phổ thông đại chúng. Do đó, khi Bosnia và Herzegovina bị đế quốc Ottoman thống trị, người dân nhanh chóng bị Hồi giáo hoá.

Ngoài ra, địa chủ và nông dân giàu có đều cải tín sang Hồi giáo, để đảm bảo quyền lợi của họ miễn bị nhà thống trị mới đế quốc Ottoman xâm hại. Do đó, thời kì Ottoman đã xuất hiện kết cấu xã hội thiểu số địa chủ người Hồi giáo bóc lột tá điền người Serb và người Croatia. Tháng 7 năm 1995, khoảng thời gian chiến tranh Bosnia, tại Srebrenica đã xảy ra một cuộc thảm sát, quân đội Cộng hoà Srpska do Ratko Mladić lãnh đạo đã sát hại khoảng 8.000 người Bosniak.